Свою историю ФГУП «СВЭКО» ведет с 1991 года.

В 2011 году на основании распоряжения Правительства Российской Федерации от № 920-ФГУП «СВЭКО» передано в ведение Федеральной службы охраны Российской Федерации.

В 2016 году в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации №2931-р ФГУП «СВЭКО» включено в перечень федеральных государственных унитарных предприятий, имеющих существенное значение для обеспечения прав и законных интересов граждан Российской Федерации, обороноспособности и безопасности государства.

За последние пять лет Предприятие успешно выполнило более 300 государственных контрактов на общую сумму более 20 млрд. рублей.